Cấy ghép tế bào gốc có thể được thực hiện cho chính bản thân em bé (ghép tự thân) hoặc ghép cho người thân trong gia đình cũng như người ngoài cộng đồng có chỉ số sinh học phù hợp.
Tính hiệu quả của phương pháp cấy ghép tế bào gốc dây rốn phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác nhau, và một trong những yếu tố quan trọng nhất chính là sự phù hợp về chỉ số sinh học, ở đây chỉ số thường được sử dụng nhất là HLA (kháng nguyên bạch cầu người). Các dấu ấn HLA này được di truyền từ cha mẹ qua cho con cái và được xem như là “dấu vân tay” tế bào, cho phép hệ miễn dịch nhận biết và phân biệt tế bào của cơ thể với các tế bào ngoại lai. Nếu chỉ số HLA của người cho và người nhận hoàn toàn giống nhau, hoặc trong trường hợp ghép tự thân, thì tế bào gốc khi đưa vào chữa trị sẽ dễ dàng được cơ thể chấp nhận. Trong trường hợp chỉ phù hợp một phần, các biện pháp hỗ trợ để hệ miễn dịch không phản ứng thải loại mảnh ghép sẽ được áp dụng.
